Ketika Shoutarou Tatewaki pertama kali bertemu dengan Sakurako Kujou, ia tahu bahwa hidupnya tidak akan pernah sama lagi. Awalnya ia mengira Sakurako bertanggung jawab atas hilangnya seseorang di lingkungannya, namun kemudian ia mengetahui bakat Sakurako yang sebenarnya: menganalisis spesimen tulang. Sakurako memiliki cukup banyak koleksi tulang hewan yang direkonstruksi, tetapi dia berharap dia memiliki lebih banyak variasi manusia, yang membuat orang-orang di sekitarnya kecewa.
Segera, Shoutarou mulai menemani ahli osteologi eksentrik ini dalam berbagai kasus tak terpecahkan yang ia temui, biasanya dalam bentuk mayat yang membusuk. Namun, dengan banyaknya kejadian yang terjadi di sekitar mereka, mungkinkah ada misteri yang lebih besar yang sedang bekerja dalam hidup mereka?
Sakurako-san no Ashimoto ni wa Shitai ga Umatteiru adalah kisah tentang dua pasangan yang tidak mungkin, yang masing-masing menunjukkan dengan caranya sendiri bahwa tulang dapat memberitahu bagaimana seseorang meninggal, tetapi hanya manusia yang dapat memberitahu bagaimana mereka hidup.
