Natsume Yuujinchou San mengikuti Takashi Natsume, seorang anak laki-laki yang mampu melihat youkai. Natsume dan pengawalnya Madara, yang dijuluki Nyanko-sensei, melanjutkan pencarian mereka untuk membebaskan para youkai dari kontrak mereka dalam “Book of Friends”;
Natsume menerima kemampuannya untuk melihat youkai dan berhenti menganggapnya sebagai kutukan. Ketika dia menghabiskan lebih banyak waktu dengan teman-teman manusia dan youkai-nya, dia menyadari betapa dia menghargai mereka berdua dan memutuskan bahwa dia tidak perlu memilih antara dunia roh dan manusia untuk menjadi bahagia.
