Sebagai anak muda yang liar, siswa sekolah dasar, Shouya Ishida berusaha mengalahkan kebosanan dengan cara yang paling kejam. Ketika Shouko Nishimiya yang tuli pindah ke kelasnya, Shouya dan teman-teman sekelasnya tanpa berpikir panjang menggertaknya untuk bersenang-senang. Namun, ketika ibunya memberi tahu pihak sekolah, dia dikucilkan dan disalahkan atas semua yang terjadi padanya. Dengan pindahnya Shouko dari sekolah, Shouya menjadi bergantung pada belas kasihan teman-teman sekelasnya. Dia dikucilkan tanpa belas kasihan di seluruh sekolah dasar dan menengah, sementara para guru menutup mata.
Sekarang di tahun ketiga di sekolah menengah atas, Shouya masih terbebani oleh kesalahannya sebagai seorang anak laki-laki. Dengan tulus menyesali perbuatannya di masa lalu, dia memulai perjalanan penebusan: untuk bertemu Shouko sekali lagi dan menebus kesalahannya.
Koe no Katachi menceritakan kisah mengharukan tentang pertemuan kembali Shouya dengan Shouko dan usahanya yang jujur untuk menebus kesalahannya, sambil terus dihantui oleh bayang-bayang masa lalunya.