Tujuh Misteri yang terkenal yang tampaknya dimiliki oleh setiap sekolah adalah inti dari legenda urban Jepang. Salah satu kisah yang paling terkenal adalah kisah Hanako-san: hantu seorang gadis muda yang menghantui kamar mandi sekolah.
Akademi Kamome memiliki versinya sendiri tentang legenda Hanako-san. Rumornya, jika seseorang berhasil memanggil Hanako-san, dia akan mengabulkan permintaan pemanggilnya. Terpikat oleh gosip tersebut, banyak orang yang mencoba untuk memanggilnya, namun selalu gagal. Namun, ketika Nene Yashiro, seorang gadis yang mengharapkan keberuntungan romantis, berani memanggil Hanako-san, ia menemukan bahwa “gadis” yang digosipkan itu sebenarnya adalah seorang anak laki-laki!
Setelah serangkaian peristiwa malang yang melibatkan hasrat romantis Yashiro, dia tanpa sadar terjerat dalam dunia supernatural, menjadi asisten Hanako-kun. Segera, dia mengetahui tentang tugas Hanako-kun yang kurang dikenal: menjaga keseimbangan yang rapuh antara manusia dan penampakan.
