Menghabiskan kehidupan SMA yang penuh semangat di Tokyo, Kodede Koyama dan “Ontan” alias Ouran Nakagawa. Meskipun sibuk dengan sekolah dan persiapan ujian, kedua gadis ini setiap malam bergembira dengan bermain gim online. Di langit kota tempat mereka tinggal, melayang sebuah kapal induk raksasa yang muncul tiba-tiba dari luar angkasa pada tanggal 31 Agustus tiga tahun lalu, menimbulkan situasi yang belum pernah terjadi sebelumnya.
Pada suatu malam, tragedi menimpa temannya. Kedua gadis itu terkejut dan dipenuhi kesedihan. Di tengah situasi tersebut, Ouran bertemu dengan seorang anak laki-laki misterius yang menanyakan, “Siapa kamu?”. Seketika itu juga, kenangan Ouran tentang masa lalunya bersama Kodede yang sudah lama terlupakan tiba-tiba kembali.
Setelah lulus ujian masuk universitas, Kodede dan Ouran akhirnya masuk dikampus yang sama dengan Ai dan Rin. Di universitas, mereka berteman akrab dengan Futaba Takemoto dan Makoto Taineuma, serta bergabung dengan klub penelitian okultisme.
Sementara itu, “penjajah” dari luar angkasa terlihat di berbagai tempat di Tokyo, dan Pasukan Bela Diri Jepang dengan kejam melakukan operasi pemusnahan. Di langit, kapal induk yang hancur masih melayang. Sebuah kelompok radikal, Seikyo-to, yang bertujuan untuk menggulingkan pemerintah, terus berburu “penjajah”. Dalam hitungan mundur menuju akhir dunia, Ouran sekali lagi bertemu dengan anak laki-laki misterius itu, Daiba.
