Tomoya Okazaki adalah seorang anak nakal yang menganggap hidup ini membosankan dan percaya bahwa dia tidak akan pernah berarti apa-apa. Bersama dengan temannya, Youhei Sunohara, ia membolos sekolah dan berencana untuk menyia-nyiakan masa-masa SMA-nya.
Suatu hari ketika berjalan ke sekolah, Tomoya berpapasan dengan seorang gadis muda yang bergumam sendiri. Tanpa peringatan, gadis itu berseru “Anpan!” (makanan Jepang yang populer) yang menarik perhatian Tomoya. Dia segera mengetahui bahwa nama gadis itu adalah Nagisa Furukawa dan bahwa dia berseru hal-hal yang dia sukai untuk memotivasi dirinya sendiri. Nagisa mengklaim bahwa mereka sekarang berteman, tetapi Tomoya berjalan pergi dan menganggap pertemuan itu tidak ada apa-apanya.
Namun, Tomoya mendapati bahwa ia semakin sering memperhatikan Nagisa di sekolah. Akhirnya dia mengakui dan berteman dengannya. Tomoya mengetahui bahwa Nagisa telah absen selama satu tahun karena sakit parah dan bahwa mimpinya adalah menghidupkan kembali klub drama sekolah. Karena merasa tidak ada hal lain yang bisa dilakukan, ia memutuskan untuk membantu Nagisa mencapai tujuan tersebut dengan bantuan empat orang gadis lainnya.
Ketika Tomoya menghabiskan lebih banyak waktu dengan para gadis, dia belajar lebih banyak tentang mereka dan masalah mereka. Ketika dia mencoba membantu setiap gadis mengatasi rintangan masing-masing, dia mulai menyadari bahwa hidup tidak sesederhana yang dia kira.
